La chapelle de Savagnier existe depuis 1440 environ. En 1650, la commune décida de rebâtir l’église et de construire une tour; le travail fut confié aux maîtres maçons David et Pierre Savoie. Le maître charpentier Joab Matthey et son fils Jonas s’occupèrent de la charpente, du plancher, des portes et du beffroi de la tour. Le maître charpentier Abraham Bourquin se chargea des toits de la nef et du chœur, du lambrissage, du plancher, des bancs, des galeries, de la porte d’entrée et de la mise en place de la chaire. Les travaux furent achevés en 1653 et Savagnier reçut à cette occasion un vitrail aux armes du prince Henri II d’Orléans-Longueville à placer dans la fenêtre centrale du chœur. En effet, malgré son inutilité liturgique dans un temple réformé, un chœur fut édifié.
Une nouvelle chaire réalisée par Jean Juillard remplaça l’ancienne, jugée trop étroite en 1704. Suite à un coup de foudre en 1717, la commune, contrainte à des réparations, en profita pour réhausser la tour. Lors de la restauration de 1948, menée par l’architecte François Wavre, cinq pierres tombales de la famille Girard, datées de 1670 à 1718, furent redressées, quatre dans le chœur et une dans la nef.
