L’église Saint-Pierre d’Engollon est citée pour la première fois en 1228, mais les récentes fouilles archéologiques ont permis de retrouver les fondations d’une église du haut Moyen Age, plusieurs fois reconstruite avant l’édification au XIIIe ou au début du XIVe siècle du choeur rectangulaire voûté en berceau conservé aujourd’hui encore.
En 1417, Jeanne de Beauffremont, puis Guillaume d’Arberg, son mari, en 1427, décidèrent de se faire ensevelir dans l’église. Guillaume ordonna alors de bâtir une chapelle au nord. D’importants travaux, entre 1683 et 1685, permirent de refaire la charpente du toit, d’élever un clocher de bois et de réduire les dimensions de la chapelle de 1427.
Une modification importante survint en 1803 par l’édification d’un clocher en pierre et la reconstruction presque complète de la nef par les maîtres tailleurs de pierre Jean-Daniel Perrenoud, Samuel Matthey et Abraham-Henri Sandoz. La restauration dirigée par l’architecte François Wavre en 1923-1924 permit de découvrir les traces de deux décors peints successifs du XIVe siècle, aussitôt restaurés par le peintre Alfred Blailé. Les vitraux de Jules Courvoisier datent de la même époque. Les peintures murales représentent des épisodes de la vie du Christ, alors que sur la voûte figurent les symboles des évangélistes autour d’un Christ en Majesté.
